HNK Šibenik osnovan je 01. prosinca 1932. godine pod tadašnjim imenom RSD Šibenik. Na konstituirajućoj sjednici koja je održana krajem kolovoza sljedeće godine, za prvog predsjednika izabran je Martin Čičin Šain. U prvim mjesecima postojanja kluba, veliki problem je predstavljao nedostatak stadiona. Šibenik je svoje domaće utakmice igrao na igralištu u Crnici koje je otvoreno 31. svibnja 1936. godine. Današnji stadion Šubićevac otvoren je 01. travnja 1948. godine, kada je splitski Hajduk gostovao u Šibeniku i slavio s 10:2.
JRSK Šibenik 1935. godine postaje član splitskog nogometnog podsaveza. Osim nogometa, u okviru radničkog društva djelovale su i esperanto i šahovska sekcija, rukometna i boksačka sekcija, plivačka i atletska sekcija.
Krajem 1939. godine, Osvit proživljava krizu te se fuzionira s novoosnovanim klubom Hajduk, 14. travnja 1940. godine. Odlučeno je i da se Osvit ubuduće zove Građanski, a za njegova predsjednika izabran je Anton Antić. No već sljedeće godine vraćan je stari naziv Osvit.
RSK Šibenik raspušten je 28. prosinca 1940., na iznenađenje brojnih članova društva i brojnih simpatizera. Iako je bilo pokušaja da društvo nastavi s radom, ti pokušaji nisu urodili plodom. A pored Šibenika, u Hrvatskoj je zabranom i progonom zahvaćeno oko 30 radničko sportskih društava.
Oslobođenjem domovine stvorene su velike mogućnosti za razvoj svih sportova, samim time i nogometa. Krajem 1944. godine pokreće se akcija za osnivanje fiskulturnog društva s tradicijama radničkog sportskog kolektiva-RSD Šibenik. Ubrzo se i to ostvarilo, a temelje novog društva činili su uglavnom juniori i pomladak predratnog društva i mjesnog rivala Osvit. FD Šibenik 1946. godine prvi put sudjeluje u jednom prvenstvenom sportskom natjecanju. Već sljedeće godine osvaja naslov prvaka Dalmacije. Šibenik je tih godina igrao u drugoj saveznoj ligi, republičkoj i međurepubličkoj ligi, hrvatsko-slovenskoj ligi te jedinstvenoj drugoj ligi.
Godine 1950. rasformiralo se fiskulturno društvo Šibenik i osnovao se samostalni nogometni klub Šibenik. Stadion na kojem je Šibenik igrao svoje domaće utakmice otvoren je 01. svibnja 1948. godine pod tadašnjim nazivom Rade Končar.
U sezoni 50/51 Šibenik je osvojio prvo mjesto u republičkoj ligi. Dres Šibenika tada su nosili Gaščić, Batinica, Tambača, Blažević, A. Erak, Tedling, Marenci, Bego, Đurić. Iduće sezone Šibenik je prvi put postao drugoligaš, no već sljedeće sezone taj status je izgubio. U sezoni 1954./55. Šibenik je po prvi put sudjelovao u natjecanju hrvatsko-slovenske lige. Zauzeo je četvrto mjesto te stekao pravo sudjelovanja u 1. zonskoj ligi. Od sezone 58./59. sve do 1971./72. Šibenik se natjecao u II. Saveznoj ligi zapad. Sezone je uvijek završavao na vrhu ili sredini tablice. Šibenik je 1957. godine bio i polufinalist Kupa Jugoslavije.
U sezoni 75./76. Šibenik je bio pobjednik hrvatske lige, skupine Jug. U kvalifikacijama za drugu ligu, u dvije utakmice protiv sisačkog Metalca nisu se uspjeli domoći Druge lige te su ostali u hrvatskoj. Razdoblje između 75. i 76. godine do sezone 82./83. jedno je od najlošijih u povijesti kluba. U jedinstvenoj jugoslavenskoj Drugoj ligi igrao je Šibenik u sezoni 87./88. Dva je pura bio na domak Prve lige, ali nije uspio.
Godine 1992. godine preimenovan je u HNK Šibenik. Tijekom 1992. i 1993. godine zog ratne opasnosti na Šubićevcu, NK Šibenik je domaće utakmice igrao na splitskom području. U 1. HNL su igrali od 1992. godine do 2002. /2003. kada ispadaju u 2. HNL. U elitni rang vraćaju se 2006. godine. Uz to imali su i sreće jer kao prvak Druge lige jug nisu trebali igrati dodatne kvalifikacije s prvakom Druge lige sjever, koji nije dobio licencu za prvu ligu.
U sezoni 2009. ostvaraju najveći uspjeh u povijesti kluba, četvrto mjesto u HNL, finale kupa s Hajdukom i plasman u kvalifikacije za Europsku ligu. Svoje europske utakmice igrali su na stadionu u Dugopolju i na Poljudu. Prvi protivnik bila je malteška Sliema Wanderers koji su u dvije utakmice svladali s 0:3. Strijelci su bili Ivan Medvid, Antonio Jakoliš i Ante Bulat. U drugom pretkolu čekao ih je ciparski Anarthosis. Šibenik je na Cipru slavio s 2:0 pogocima Stipe Bačelića Grgića i Sandra Bloudeka, dok su Ciprani u uzvratu nakon produžetaka slavili s 2:3. Tadašnji trener Šibenika, bio je Branko Karačić.
Tri godine kasnije, Šibenik kao četrnaesto plasirana ekipa ispada u 2. HNL, gdje u sljedećoj sezoni osvaja četvrto mjesto. Zbog financijskih problema narančasti ispadaju u 3. HNL. Prvu sezonu u trećem rangu Šibenik završava na drugom mjestu i ne uspijeva se plasirati u viši rang. Prva violina Šibenika Miro Slavica te je sezone postigao 30 pogodaka i bio najbolji strijelac lige. U sezoni 2014./2015. Šibenik osvaja prvo mjesto u 3. HNL jug i ostvaruje plasman u 2. HNL sljedeće sezone.
Šibenik je tijekom te sezone vodio bitku s Cibaliom za ulazak u 1. HNL. Šibenčani su u jednom trenutku imali 15 bodova prednosti ispred vinkovačkog sastava, no sve su prosuli u proljetnom dijelu sezone. U izravnom dvoboju susret na Šubićevcu završio je bez pobjednika 0:0, čime je Cibalia preskočila Šibenik i izborila plasman u viši rang. Šibenik je u dodatnim kvalifikacija, u uzvratu u Puli nakon jedanaesteraca ostao bez plasmana u viši rang. Oba susreta u regularnom dijelu završila su bez pobjednika 1:1.
Sljedeću dvije sezone Šibenik je završavao na sedmom mjestu. U sezoni 2018./2019. gotovo preslik sezone 2015./2016., samo što je ovog puta umjesto Cibalie bio Varaždin. Šibenik je imao u jesenskom dijelu pet bodova prednosti ispred Varaždina, no loša igra u proljetnom dijelu sezone donijela je Varaždinu prvo mjesto i odlazak u elitni rang. Šibenik je u kvalifikacijama ponovno dočekao Istru. Susret na Šubićevcu završio je 1:1, dok je Istra u Puli slavila s 2:0.
Sezonu kasnije Šibenik prvi dio sezone završava na prvom mjestu s osam bodova prednosti ispred drugog Orijenta. Proljetni dio sezone bio je prekinut zbog početka pandemija i bilo je odlučeno da se prvenstvo neće nastaviti. Šibenik je kao vodeća ekipa izborio izravan plasman u 1. HNL. Uvertira u novu sezonu, bilo je finale kupa na Šubićevcu između Rijeke i Lokomotive. Šibenik je imao dobru posloženu momčad i završio na šestom mjestu. Upamtit će se prva povijesna pobjeda nad Dinamom u Maksimiru 1:2, kao i pobjeda na Poljudu 0:1 protiv Hajduka. Junaci maksimirske večeri bili su Emir Sahiti i Deni Jurić. Trener Šibenika tada je bio Krunoslav Rendulić.
Prošlu sezonu Šibenik je završio na osmom mjestu na osmom mjestu. Aktualnu sezonu Šibenik jesenski dio sezone završava na pretposljednjem devetom mjestu i očekuje ga neizvjesno proljeće u nadi da će i 91. rođendan provesti u elitnom društvu.
Foto: HNK Šibenik